Arheološka zbirka Muzeja osnovana je početkom šezdesetih godina XX vijeka, a njen nastanak vezuje se za svega jedanaest predmeta. Od toga je deset darovala Uprava rudnika „Brskovo“ iz Mojkovca. Riječ je o predmetima i opremi korišćenim u ovom rudniku, koji pružaju širu istorijsku sliku jednog vremenskog perioda i omogućavaju sagledavanje života u srednjovjekovnim rudarskim naseljima i gradovima.
Rudnik Brskovo osnovali su njemački rudari Sasi u XIII vijeku. U istorijskim izvorima Brskovo se pominje kao značajno privredno središte i rudarsko naselje koje je, u vrijeme najvećeg procvata, preraslo u manji grad sa razvijenim trgom. Njegov kulturno-istorijski značaj za Crnu Goru je izuzetno veliki, a u numizmatičkoj zbirci Muzeja čuva se i primjerak srebrnog novca iz brskovske kovnice.
U odnosu na skroman početak, današnja arheološka zbirka predstavlja jednu od najreprezentativnijih muzejskih zbirki, sa neuporedivo većim brojem predmeta, uglavnom pribavljenih tokom arheoloških iskopavanja. Manji dio fonda potiče iz slučajnih nalaza, poklona i otkupa.
Prva stručna arheološka istraživanja na području bjelopoljske opštine sprovedena su u selu Bijedići, na lokalitetu „Trnje“. Od kraja sedamdesetih godina XX vijeka istraživanja se intenziviraju i obuhvataju veći broj lokaliteta, čime je valorizovan značajan fond kulturnih dobara – od lokalnog do međunarodnog značaja.
Arheološku zbirku čine predmeti iz tri velika vremenska perioda: praistorije, antike i srednjeg vijeka.
Praistorijski period
Praistorijske nalaze čini bogat materijal prikupljen na lokalitetima u bjelopoljskom kraju, koji svjedoči o ranim oblicima života. Najstariji tragovi datuju iz neolita (oko 4000–2300. godine p.n.e.) i bronzanog doba (2000–1000. godine p.n.e.). U stalnoj postavci Muzeja zastupljeni su nalazi sa lokaliteta Trnje (Bijedići), Samograd, Majstorovina, Voljavac i Ostrelj.
Antički period
Antički materijal potiče sa lokaliteta Lim (Bijelo Polje), Majstorovina i Podgajnice (Zaton). Ovi nalazi svjedoče o prisustvu i kontaktima antičkih kultura u dolini Lima.
Srednji vijek
Srednjovjekovni period je najobimnije istražen, pa predmeti iz ovog doba zauzimaju centralno mjesto u stalnoj postavci. Najznačajniji lokaliteti su: crkva sv. Petra i Pavla (Bijelo Polje), crkva sv. Nikole (Nikoljac), crkva Presvete Bogorodice (Voljavac), Brskovo (Mojkovac), kao i nalazi sa Ribarevina, Nedakusa, Boljara i drugih lokaliteta.